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未来属于SOLiD

作者:Life Technologies 2007-10-29T00:00 (访问量:10475)

随着遗传分析技术的发展,个性化的医疗脚步加快,利用个性化的的基因测序,医生能诊断某些疾病的可能,并帮助病人预防它们,这样的个性化基因分析要求费用大大降低才行。美国应用生物系统公司(ABI公司)最新推出的新一代基因分析系统 ――SOLiDTM系统在此过程中迈出了革命性的一步。

在过去的20多年来,ABI公司一直是基因序列分析的领导者。SOLiDTM系统是应用生物系统公司在基因序列分析技术方面的一项最新革命性成果,在测序通量上取得革命性突破,其不可比拟的准确度、系统稳定性和通量可放大等特点使SOLiD在新一代测序平台中脱颖而出,成为新一代基因分析技术的标准。 SOLiDTM技术以用四色荧光标记寡核苷酸进行连续的连接反应为基础,能够对单拷贝扩增DNA片段进行大规模高通量并行测序。这项技术使用末端配对分析和双碱基编码,在对复杂基因组进行研究时其准确度要远高于其它新一代技术。SOLiDTM系统是一个完整的系统,除了分析仪主机和三台辅助设备,还包含有强大计算能力的计算机系统和计算软件。

SOLiDTM系统具有以下突出特点:

超高的通量

SOLiDTM系统每轮运行可以产生超过30亿碱基(gigabases,相当于人类基因组大小)的可定位数据,是目前新一代基因分析技术中通量最高的。原来耗尽一生的研究工作现在一周内就可以通过SOLiDTM系统完成。

极高的准确度

SOLiDTM系统采用双碱基编码这种**方法,在测序过程中对每个碱基分析判读两遍,能够在序列测定中过滤原始数据错误,提供内在的错误校正;使用连接酶的方法较使用聚合酶的方法具有更高的保真度,能够明显减少因碱基误配而出现的错误,可以消除相位不同步的问题(其它新一代测序系统的代表性问题);测序过程中定期更换测序引物能够减少背景噪音和错误率。综合这些特性,使SOLiDTM系统原始碱基数据的准确度大于99.94%,而在15X覆盖率时的准确度可以达到99.999%,是目前新一代基因分析技术中准确度最高的。

 应用广泛灵活

高度准确、超高的测序通量和系统多功能性,使SOLiDTM系统的使用范围非常广泛,可以检测出基因组各种序列变化,包括SNP(单核苷酸多态性)、基因CNVs(拷贝数变化)、重复序列、倒位、插入和缺失。SOLiDTM系统可以应用于个体基因组测序、病原微生物基因组测序、个体基因组部分比较寻找疾病基因、基因表达谱分析、染色质免疫共沉淀(ChiP)和蛋白因子调控基因表达实际结合部位等研究。超高的测序通量使SOLiDTM系统对低表达基因进行检测的灵敏度非常高。

通量可放大

SOLiDTM系统的开放式上样玻片格式和灵活可变的磁珠密度,使其能够在现有系统上通过更新操作流程和优化化学反应来提高检测通量。智能条形码可以允许对多个样品进行分析,从而提高系统的利用率并进一步减少在上游工作流程中需要消耗的时间和费用。

系统稳定

ABI公司的科学家经过反复运行和反复设计已能够保证SOLiDTM系统的稳定性。与其它竞争系统不同,SOLiDTM系统能够使使用者实时地跟踪运行状态,从而确保了运行成功完成,它允许在多个步骤中重新进入工作流程,而无需重复进行样本和上样玻片的制备节约了大量的数据、时间和金钱。

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