引言：为什么抗体测序越来越重要？

抗体，作为适应性免疫系统的核心执行者，其多样性和特异性使其在基础研究、诊断开发、生物制药等多个领域都发挥着举足轻重的作用。从单克隆抗体的开发，到新型疫苗的评估，再到肿瘤免疫治疗的机制解析，获取抗体的全序列信息成为关键第一步。

然而，传统的抗体测序方法往往依赖已知数据库或抗体来源细胞的mRNA信息，限制了对天然抗体、多克隆抗体、或者临床样本中稀有抗体的全面解析。在此背景下，基于质谱的De Novo抗体测序技术应运而生，正在逐步成为抗体研发和表征的重要手段。

一、什么是De Novo抗体测序？

De Novo测序是指在缺乏已知数据库参考的情况下，直接通过质谱数据推断蛋白质序列的过程。相较于依赖数据库比对的传统质谱分析方法，De Novo测序不受数据库覆盖率限制，能够实现真正意义上的全序列解析，尤其适用于未知抗体或来源复杂的样本。

抗体De Novo测序的一般流程包括：

1、样本制备：将抗体进行酶解，常用酶包括Trypsin、Chymotrypsin、LysC等；

2、质谱分析：采用高分辨率质谱（如Orbitrap、TOF）采集多肽片段的MS/MS信息；

3、序列推断：使用专用的De Novo算法（如PEAKS、Novor）解析肽段序列；

4、序列拼接与重建：结合抗体结构特征，拼接出完整的轻链与重链序列；

5、功能验证：通过重组表达与ELISA、SPR等手段验证序列的功能正确性。

二、为什么选择De Novo技术进行抗体测序？

1、不依赖mRNA信息，更适用于临床样本和天然抗体

在许多实际场景中，例如来自血清、组织液等临床样本中的抗体，仅依赖B细胞mRNA进行序列分析往往面临细胞获取困难、表达量低等问题。而De Novo测序则直接以蛋白为对象，无需依赖核酸信息，在天然抗体研究中具有显著优势。

2、高分辨率质谱赋能，提升测序精度与覆盖度

随着质谱仪性能的持续提升，现代仪器已能实现亚ppm级的质量精度和高灵敏度。结合多酶酶解策略与重叠肽段优化算法，De Novo测序的准确率和覆盖率已接近95%以上，足以满足抗体工程的应用需求。

3、可揭示抗体异构形式（如糖基化、突变、剪切）

抗体不仅在氨基酸水平存在多样性，其翻译后修饰（PTMs）如糖基化、氧化、脱酰胺等也对功能产生重要影响。传统的基因测序方法无法捕捉这些修饰信息，而质谱则能够提供修饰位点和修饰类型的直接证据。

三、De Novo抗体测序的技术挑战与应对策略

1、CDR区域解析难度大

抗体的互补决定区（CDR）富含高变异序列，是抗原结合活性的核心。CDR区域常伴随序列复杂性高、酶解效率低等问题，影响其在质谱中的检测频率。百泰派克生物科技通过多酶联用、异构体聚焦分析等策略，有效提升CDR区的覆盖率和序列可信度。

2、同源抗体混合样本的拆分难度高

当样本中存在多个同源抗体时（如多克隆抗体或治疗前后患者抗体对比），传统算法难以区分近似序列。百泰派克利用深度覆盖+智能算法+人工审阅相结合的方式，实现高复杂度背景下的抗体重建。

四、应用场景：De Novo抗体测序的广泛价值

百泰派克生物科技：高精度De Novo抗体测序服务提供商

在百泰派克，我们结合先进的Orbitrap Fusion Lumos系统与优化的多酶酶解策略，搭配自主开发的序列拼接和修饰分析算法，提供包括：

* 全长抗体序列解析（重链+轻链）

• CDR区域精细覆盖验证
• 抗体修饰图谱（糖基化、氧化等）
• 同源抗体混合样本解析服务

我们的技术团队具备丰富的质谱数据分析经验，并通过每一例项目进行人工校验和结构建模验证，确保结果的可重组性和功能有效性。随着抗体药物开发和精准医学的快速发展，获取高质量的抗体序列信息已成为基础性需求。De Novo抗体测序技术正以其高自由度、高准确率、适用性强的优势，成为科研和产业界不可或缺的工具。百泰派克生物科技将持续以专业的技术平台与服务能力，助力科研人员深度挖掘抗体的结构与功能潜能。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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