在生命科学研究中，全面、准确地揭示蛋白质的表达变化对于理解生物过程和疾病机制至关重要。无标记定量蛋白质组学（Label-Free Quantitative Proteomics, LFQ）凭借其灵活性高、样本需求少、成本较低等优势，正逐渐成为蛋白质定量分析的重要手段。液相色谱-质谱联用技术（LC-MS）作为核心平台，为无标记定量提供了高通量、定量准确的技术支撑。本文将系统介绍基于LC-MS的无标记定量蛋白质组学的基本原理、技术流程及其在高效鉴定与定量分析中的应用优势。

一、无标记定量蛋白质组学概述

无标记定量方法通过直接比较不同样本中肽段离子峰的强度或谱数，推测蛋白质的相对含量变化。常用的无标记定量策略包括基于峰面积积分（Intensity-based Quantification）和基于谱计数（Spectral Counting）。与标记定量（如TMT、iTRAQ）相比，无标记定量省去了昂贵的标记步骤，适合样本数量多、异质性高的研究场景。

二、LC-MS在无标记定量中的核心作用

1、高分辨率分离与检测

液相色谱（LC）能够高效分离复杂蛋白质消化液中的多肽组分，极大提高了质谱（MS）检测的动态范围与灵敏度。现代高分辨率质谱仪，如Orbitrap和Q-TOF平台，能够提供亚ppm级的质量准确度和优异的重复性，确保定量结果的可靠性。

2、数据采集模式：DDA与DIA

（1）数据依赖采集（DDA）：按预设规则选择最强离子进行MS/MS碎片分析，常用于初步鉴定；

（2）数据独立采集（DIA）：对所有离子并行碎片化，提高了数据完整性和定量一致性，特别适合大规模无标记定量项目。

在百泰派克生物科技，我们灵活结合DDA和DIA策略，依据项目需求定制最佳实验设计，确保获得全面且精准的蛋白质定量数据。

三、基于LC-MS的无标记定量蛋白质组学标准流程

1、样本制备与蛋白质消化

优化蛋白提取、定量和酶切（如FASP、SP3方法）是保障数据质量的第一步。百泰派克采用高效、低偏倚的样本处理流程，兼顾不同样本类型（如组织、血浆、细胞系）。

2、LC-MS分析

通过纳升流LC系统（nanoLC）耦合高分辨率质谱，采用优化的梯度洗脱方案，提高肽段覆盖率和定量精度。

3、数据处理与定量分析

利用先进的分析软件（如MaxQuant、DIA-NN、Spectronaut）进行原始数据处理，结合归一化算法（如LFQ Intensity、iBAQ、MSstats）实现精准定量。

4、生物信息学挖掘

进一步进行统计分析（如差异表达分析）、富集分析（GO、KEGG）及网络分析（PPI），挖掘潜在的生物学意义。

四、基于LC-MS的无标记定量蛋白质组学的优势与挑战

1、优势

（1）无标记、成本可控：无需昂贵的标记试剂，降低整体实验费用；

（2）样本适应性强：适合组织、体液、细胞等多种类型；

（3）灵活扩展：便于增加样本批次，无需预先计划标签数；

（4）高通量与高重复性：特别是在高分辨质谱支持下，能实现成百上千蛋白的精确定量。

2、挑战

（1）技术依赖性高：对样本制备、仪器稳定性及数据处理要求严格；

（2）数据量庞大，解析复杂：需要高效的计算平台与专业的数据分析能力。

百泰派克生物科技依托先进的仪器平台与经验丰富的科研团队，从样本准备到数据解析提供一站式服务，助力客户高效完成无标记定量蛋白质组学研究。

五、应用场景示例

• 疾病生物标志物筛选：通过不同组学样本间蛋白质表达量差异，发现潜在生物标志物；
• 机制研究：揭示信号通路变化，探索疾病发生发展的分子机制；
• 药物作用机制解析：监测药物处理前后蛋白质表达谱变化，评估疗效或副作用；
• 生物过程动态监测：如干细胞分化、免疫应答等动态事件中的蛋白质组变化。

百泰派克生物科技的无标记定量解决方案

百泰派克生物科技基于国际领先的Orbitrap Exploris 480和timsTOF Pro平台，结合自主优化的LFQ工作流程，已成功为多家高校、医院及生物医药企业提供高质量的无标记定量蛋白质组学服务。我们的优势包括：

• 样本适配广泛（组织、血清、外泌体等）
• 高覆盖率（单次分析可鉴定>6000蛋白）
• 高定量准确性（CV≤20%）
• 个性化数据分析报告，支持SCI论文发表

基于LC-MS的无标记定量蛋白质组学正在以其独特的优势推动生命科学研究不断向前。随着仪器性能与数据分析方法的持续进步，其应用领域将更加广阔。百泰派克生物科技致力于以专业的技术力量和优质的服务体验，助力您的科研探索与创新突破。如果您正在寻找高效、可靠的无标记定量蛋白质组学合作伙伴，欢迎联系我们，了解更多定制化服务方案！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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